ประเทศ ไทยมีแนวปะการังคิดเป็นพื้นที่ประมาณ 96,357 ไร่ ( 154.17 ตร.กม.) โดยแบ่งเป็นทางฝั่งทะเลอันดามันและช่องแคบมะละกาตอนบนประมาณ 50,812 ไร่ ( 81.3 ตร.กม.) และในฝั่งอ่าวไทยมีพื้นที่แนวปะการังทั้งหมดประมาณ 45,545 ไร่ ( 72.9 ตร.กม.) โดยฝั่งอ่าวไทยฝั่งตะวันออกพบแนวปะการังกระจายอยู่ตั้งแต่จังหวัดชลบุรี ระยอง จันทบุรี และตราด ส่วนทางด้านฝั่งตะวันตกและภาคใต้ฝั่งตะวันออก พบแนวปะการังในจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ชุมพร สุราษฎร์ธานี นครศรีธรรมราช และปัตตานี

       แนวปะการังมีการเปลี่ยนแปลงสภาพตลอดเวลา ซึ่งอาจเปลี่ยนเป็นในทางที่ดีขึ้นหรือเลวลง การเปลี่ยนแปลงโดยธรรมชาติ เช่น พายุพัดทำลาย การอุณหภูมิน้ำทะเลเพิ่มขึ้นสูงกว่าปกติ การะบาดของดาวมงกุฎหนาม หรือจากกิจกรรมของมนุษย์ เช่น การประมงผิดวิธีในแนวปะการัง การท่องเที่ยว การลักลอบจับปลาในแนวปะการังหรือลักลอบเก็บปะการัง กิจกรรมจากบนฝั่ง การฟื้นตัวของแนวปะการังสู่สภาพเดิมส่วนใหญ่ใช้เวลานาน ขึ้นอยู่กับปัจจัยที่ช่วยส่งเสริมหรือยับยั้ง รวมทั้งระดับความรุนแรงที่เกิดขึ้นด้วย

แนวปะการังอ่าวไทย

        ฝั่งทะเลอ่าวไทยมีพื้นที่ปะการังรวมทั้งหมดประมาณ 45,500 ไร่ แบ่งเป็น อ่าวไทยฝั่งตะวันออกพบแนวปะการังกระจายอยู่รอบเกาะต่างๆ ตั้งแต่จังหวัดชลบุรี ระยอง จันทบุรี และจังหวัดตราด มีพื้นที่รวมประมาณ 17,500 ไร่ ส่วนอ่าวไทยฝั่งตะวันตกพบปะการังบริเวณรอบเกาะ ในจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ชุมพร และสุราษฎร์ธานี พื้นที่รวม 29,500 ไร่ จังหวัดสุราษฎร์ธานีมีพื้นที่ปะการังมากที่สุดในอ่าวไทยประมาณ 24,000 ไร่

        สภาพปะการังปี 2549 แนวปะการังฝั่งตะวันออกและตะวันตกของอ่าวไทย ส่วนใหญ่อยู่ในสภาพสมบูรณ์ปานกลางถึงสมบูรณ์ดีมาก

การฟื้นฟูแนวปะการัง

        การฟื้นฟูปะการัง คือการทำให้แนวปะการังกลับมามีสภาพความอุดมสมบูรณ์และสามารถเอื้อประโยชน์ใน แง่ต่าง ๆ ให้กับสิ่งมีชีวิตในทะเลรวมไปถึงมนุษย์ การฟื้นฟูสามารถดำเนินการได้หลายวิธี ได้แก่

1. การป้องกันและลดปัจจัยสาเหตุของการเสื่อมโทรมของแนวปะการัง ได้แก่ การจัดการพื้นที่แนวปะการัง เช่น การแบ่งเขตการใช้ประโยชน์ให้มีความเหมาะสมตามลักษณะพื้นที่ การผูกทุ่นเพื่อจอดเรือแทนการทิ้งสมอ การควบคุมไม่ให้มีน้ำเสีย ขยะ และตะกอนลงสู่ทะเลหรือแนวปะการัง วิธีเหล่านี้เป็นสิ่งที่ง่ายที่สุดในการป้องกันและรักษาแนวปะการังไว้

2. การฟื้นฟูปะการังที่ดำเนินการกับแนวปะการังโดยตรง แบ่งได้เป็น

            2.1 การฟื้นฟูทางกายภาพ (Physical restoration) เป็นการปรับปรุงสภาพพื้นที่ให้เหมาะสมต่อการฟื้นตัวของปะการัง ได้แก่

- การปรับพื้นที่ที่เปลี่ยนแปลงไปให้เหมาะสมต่อการฟื้นตัวตามธรรมชาติของปะการัง เช่น การที่นักดำน้ำร่วมกันพลิกปะการังที่ล้มคว่ำให้กลับสู่สภาพที่จะเจริญเติบโต ได้ต่อไปตามธรรมชาติ การเก็บขยะในแนวปะการัง นับเป็นการฟื้นฟูรูปแบบหนึ่งที่ทำให้ปะการังสามารถดำรงชีวิตและเติบโตต่อไป ได้ตามธรรมชาติ

- การสร้างพื้นที่ลงเกาะให้กับปะการัง ในรูปของปะการังเทียมโดยใช้วัสดุต่าง ๆ เช่น หิน เซรามิค คอนกรีต นอกจากนี้การใช้ปะการังเทียมอาจมีวัตถุประสงค์นอกเหนือไปจากการเพิ่มพื้นที่ ลงเกาะสำหรับปะการัง ได้แก่ การเป็นแหล่งอาศัยสัตว์น้ำอื่น ๆ การทำประมงพื้นบ้าน ป้องกันเครื่องมือประเภทอวนลาก เป็นแหล่งดำน้ำเพื่อลดการใช้ประโยชน์ของนักดำน้ำในแนวปะการังธรรมชาติ 

ใน บางครั้งการฟื้นฟูทางกายภาพเพียงอย่างเดียวก็เพียงพอที่จะทำให้การฟื้นตัว ของแนวปะการังเกิดขึ้นได้ตามธรรมชาติ โดยไม่จำเป็นที่จะต้องมีการดำเนินการฟื้นฟูทางชีวภาพต่อไป

2.2 การฟื้นฟูทางชีวภาพ (Biological restoration) เป็นการฟื้นฟูที่ตัวปะการังโดยตรง ซึ่งวิธีที่ดำเนินการในปัจจุบัน ได้แก่การย้ายปะการังบางส่วนจากแหล่งที่มีความสมบูรณ์ไปยังบริเวณที่ต้องการ ฟื้นฟู โดยมีหลักสำคัญคือต้องไม่ก่อให้เกิดความเสียหายแก่บริเวณที่เป็นแหล่งพันธุ์ (donor reef area) ซึ่งการฟื้นฟูวิธีนี้ในประเทศไทยมีวิธีดำเนินการหลากหลายรูปแบบ

หญ้าทะเลในประเทศไทย หญ้าทะเลถือเป็นทรัพยากรที่ได้รับการยอมรับว่าเป็นระบบนิเวศที่มีความสำคัญมาก ในปัจจุบันแหล่งหญ้าทะเล เป็นแหล่งที่อยู่อาศัยและแหล่งอาหารอันอุดมสมบูรณ์ของสัตว์ทะเลและสัตว์น้ำ เศรษฐกิจ อันได้แก่ กุ้ง หอย ปู และปลา หญ้าทะเลยังเป็นอาหารสำคัญของพะยูนและเต่าทะเล เป็นแหล่งวางไข่ แหล่งอนุบาลตัวอ่อน และที่อยู่อาศัยของปลา กุ้ง หมึก ปูม้า หอยชนิดต่างๆ ไส้เดือนทะเล ตลอดจนสัตว์เล็กๆ นานาชนิด และเป็นแหล่งอาหาร แหล่งทำมาหากินที่สำคัญของชุมชนชายฝั่งทะเล

  ในน่านน้ำไทย พบหญ้าทะเลรวม 12 ชนิดพันธุ์ จากจำนวนทั้งสิ้นประมาณ 58 ชนิดพันธุ์ที่พบทั่วโลก ในทะเลฝั่งอันดามันพบหญ้าทะเล 11 ชนิด ขาดเพียงชนิดเดียวคือหญ้าตะกานน้ำเค็ม (Ruppia maritima) ซึ่งพบเฉพาะทางฝั่งอ่าวไทยเท่านั้น 

ในประเทศไทยพบหญ้าทะเลได้ในหลายพื้นที่ เช่น แหล่งน้ำกร่อย หรือปากแม่น้ำที่ติดป่าชายเลน ชายฝั่งน้ำตื้นที่มีพื้นทรายหรือทรายปนโคลน และที่ลึกติดกับแนวปะการัง สภาพแหล่งหญ้าทะเลโดยทั่วไปทางฝั่งทะเลอันดามันมีความอุดมสมบูรณ์มากกว่าทางฝั่งอ่าวไทย ฝั่งทะเลอันดามันพบหญ้าทะเลในพื้นที่ชายทะเลและเกาะต่างๆ ทุกจังหวัด ตั้งแต่จังหวัดระนอง พังงา ภูเก็ต กระบี่ ตรัง และสตูล ซึ่งมีพื้นที่รวมประมาณ 60,000 ไร่ โดยแหล่งหญ้าทะเลผืนใหญ่ที่สุดในน่านน้ำไทยคือ บริเวณเกาะตะลิบง จังหวัดตรัง

ฝั่งอ่าวไทยพบหญ้าทะเลทั่วไปตามจังหวัดชายฝั่งทะเล 13 จังหวัดและเกาะบางแห่ง ได้แก่ จังหวัดตราด จันทบุรี ระยอง ชลบุรี เพชรบุรี ประจวบคีรีขันธ์ ชุมพร สุราษฎร์ธานี นครศรีธรรมราช พัทลุง สงขลา ปัตตานี และนราธิวาส ซึ่งมีพื้นที่ประมาณ 34,500 ไร่

ปัญหาเสื่อมโทรมของทรัพยากรแหล่งหญ้าทะเล

ในช่วง 10 ปีที่ผ่านมา แหล่งหญ้าทะเลมีแนวโน้มเสื่อมโทรมลง มีสาเหตุมาจาก

1. การพัฒนาชายฝั่งทะเลที่มีผลก่อให้เกิดตะกอน และน้ำเสียตามชายฝั่งทะเล เช่น การทำเหมืองแร่ การตัดถนน โรงงานอุตสาหกรรม ชุมชนบ้านเรือน และการทำนากุ้ง
2.การทำประมงที่ใช้เครื่องมือประมงทำลายแหล่งหญ้าทะเลและสัตว์ทะเลที่อาศัยอยู่ เช่น เรืออวนลากขนาดเล็ก เรืออวนรุน เรืออวนทับตลิ่งขนาดใหญ่ เป็นต้น
3. ภัยธรรมชาติ พายุ คลื่นลม มักเกิดขึ้นตามฤดูกาล โดยเฉพาะลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ และการเกิดเหตุการณ์คลื่นยักษ์สึนามิ ทางชายฝั่งทะเลอันดามันเมื่อ 26 ธันวาคม 2547 ทำให้หญ้าทะเลได้รับผลกระทบร้อยละ 5 ของพื้นที่ฝั่งทะเลอันดามัน